Положительное заключение государственной экологической экспертизы является одним из обязательных условий финансирования и реализации экспертируемого объекта. Заключение имеет юридическую силу в течение срока, определенного государственным органом, проводящим конкретную государственную экологическую экспертизу.
Правовым последствием отрицательного заключения государственной экологической экспертизы является запрет реализации объекта. В случае отрицательного заключения заказчик вправе представить материалы на повторную государственную экологическую экспертизу при условии их переработки с учетом замечаний, изложенных в данном отрицательном заключении.
Заключения государственной экологической экспертизы могут быть оспорены в судебном порядке.