Это озеро является бывшим хвостохранилищем Химико-гидрометаллургического завода (ХГМЗ), который сбрасывал туда отходы обогащения урановой руды. До создания завода на месте озера была бессточная котловина, дно которой находилось на отметке 38 м.В эту котловину и стали сбрасывать отходы обогащения урановых и редкоземельных руд. По данным Министерства охраны окружающей среды РК, в озере хранится 355790 тысяч тонн отходов с активностью 11242 Кюpи. В состав отходов: фосфогипсов, фосфомелов и пиритных огарков, которые лежат под слоем воды, входят как радиоактивные элементы, так и кобальт, никель, стронций, свинец. Озеро представляет собой некий аналог "мокрого" хранилища радиоактивных отходов, в котором вода поглощает основную часть излучения. Озеро Кошкар-Ата и Каспийское море отделяет друг от друга узкая береговая полоса, длиной не более 8 км, поэтому возникла опасность загрязнения Каспия водами хвостохранилища.
Кроме загрязнения Каспия появилась опасность загрязнения подземных вод месторождения технической воды Куюлус, откуда Мангышлакский атомный энергокомбинат МАЭК берет часть воды для Актау. Но помимо загрязнения токсичными и радиоактивными веществами грунтовых вод, имеется еще одна проблема, связанная с хвостохранилищем Кошкар-Ата. В данный момент озеро пересыхает, потому что заводы бывшего ПГМК простаивают и не сбрасывают воду. На высохших берегах озера образуется токсичная пыль, которую ветер разносит по округе. Если поддерживать в озере прежний уровень воды, то может произойти сброс токсичных отходов в Каспий. Если дать озеру высохнуть, то пылью будут заражены все земли и пастбища вокруг Актау и поселка Акшукур. Это было поразительно близорукое решение, однако в СССР получение оружейного плутония ценилось намного выше радиационной безопасности, здоровья и жизни людей.