Строительство городской станции по очистки сточных вод, расположенной на окраине Актау, еще не закончено. Поэтому, неочищенные стоки почти половины города направляются непосредственно в озеро Кошкар-Ата. Домашние животные пьют из этого канала, так как это один из немногих источников воды, и вокруг собираются стаи птиц. Сточные воды могут быть источником различных заболеваний.
В советское время, все заводы, работающие в промышленной зоне Актау, сбрасывали сточные воды в Кошкар-Ату, а радиоактивные отходы просто складировали в самом озере. После распада СССР, многие заводы закрылись, сброс воды значительно сократился, и теперь происходит постепенное высыхание хвостохранилища. Токсичные и радиоактивные частички пыли подхватывает ветер и относит в расположенный рядом город Актау.
В 2003 году согласно постановлению областного акимата был разработан первый проект по рекультивации данной территории. Он был основан на технической рекультивации 2700 гектаров земли. Но по причине отсутствия финансирования, проект не был выполнен. В 2007 году компанией Уранликвидрудник были проведены работы на двух наиболее радиоактивных частях хвостохранилища. Фактически, их просто заложили бетонными плитами. До недавнего времени прошли обсуждения еще несколько проектов (например, японская компания предлагала провести рекультивацию всего озера с условием, что все найденные материалы будут принадлежать компании. Вероятно, целью было извлечение редких металлов из мусора). Ни один из проектов не был реализован, возможно из-за широко распространенной коррупции и финансовых ожиданий заинтересованных органов власти и политиков.
